La peste noire a-t-elle vraiment modifié le génome humain?

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La question divise la communauté scientifique.

En 1349, la pandémie de peste noire atteint Cambridge, en Angleterre. Comme ailleurs en Europe, le bilan est catastrophique, les morts s’amoncellent, souvent dans des fosses communes. On estime que six personnes sur dix en Europe y succombent.

En 2022, une étude avait identifié des variations génétiques chez les individus ayant survécu à la mort noire, de son surnom –variations qui les auraient sans doute protégés de la maladie. Une étude parue le 17 janvier dans Science Advances vient contredire ces premières découvertes. La revue Nature revient sur ces recherches contradictoires pour tenter de mettre au clair ce mystère génétique.

Au sein de notre génome se cachent des traces d’épidémies anciennes, et il est admis que ce sont bien des variants génétiques qui ont aidé nos ancêtres à survivre à certaines infections, tout en transmettant à leurs enfants ces protections.

Il serait plus compliqué en revanche d’attribuer à chacun de ces variants des épidémies spécifiques, clairement marquées dans le temps. Le procédé est lent, se construisant sur plusieurs générations. Il semble difficile de relever l’influence d’une seule maladie sur le génome, d’autant que les scientifiques ne disposent que d’un petit nombre de génomes humains anciens.

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Yersinia, Yersinia pestis

Luis Barreiro, généticien des populations humaines à l’université de Chicago, a mené l’étude de 2022. Lui et son équipe ont examiné des centaines de génomes anciens, anglais et danois, pour identifier plus de 200 variants génétiques immunitaires courants chez les personnes ayant survécu à la peste noire. Variants qui, selon eux, se retrouvaient beaucoup moins chez les victimes de la pandémie.

En laboratoire, ils ont pu confirmer que des variants dans un gène, appelé «ERAP2», avaient aidé les cellules immunitaires à contrôler la bactérie Yersinia pestis, responsable de la grande peste de 1346.

En affinant ces recherches à la population de Cambridge et des alentours, Ruoyun Hui, généticienne des populations à l’université de Cambridge, n’est pourtant pas arrivée aux mêmes résultats. Certains variants immunitaires détectés par Luis Barreiro à Londres n’apparaissaient que très peu à Cambridge, quand d’autres typiques de Cambridge semblaient devenir moins courants à Londres après la pandémie. Rien de concluant, donc.

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Il semblerait que tout soit question d’échelle de temps… et d’interprétation. «Personnellement, je pense qu’une seule épidémie est peu susceptible de faire beaucoup de différence», explique Iain Mathieson, généticien des populations à l’université de Pennsylvanie, «mais des épidémies et des pandémies répétées pourraient certainement le faire.»

La seule façon d’obtenir des réponses définitives serait de pouvoir séquencer des milliers de génomes humains anciens. Mais ce n’est pas chose aisée, comme l’avance Luis Barreiro: «Je ne pense pas que cela sera résolu d’une manière définitive qui satisfasse tout le monde avant d’atteindre des tailles d’échantillon beaucoup, beaucoup plus grandes.»

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